Trong đó, chi phí xây dựng tăng lên tới 146,3 triệu USD, chi phí thiết bị tăng 77 triệu USD, mua sắm đoàn tàu tăng 19,41 triệu USD…..
Theo ông Nguyễn Mạnh Hùng, quyền Tổng giám đốc Ban quản lý dự án thì có ba nguyên nhân dẫn đến chi phí dự án tăng cao bao gồm: điều chỉnh, bổ sung phát sinh so với thiết kế ban đầu, giá nguyên vật liệu biến động, trình trạng giải phóng mặt bằng kéo dài.
Tuy nhiên Ban quản lý dự án cho biết, có khả năng tổng vốn đầu tư chỉ dừng lại ở con số 868,04 triệu USD. Vì thế theo nhận định của một số chuyên gia thì chủ đầu tư sẽ khá vất vả trong việc kiểm soát vốn đầy tư nhất là khi dự án đang xuất hiện một số tình huống bất lợi.
Cụ thế, theo như thông bảo của Tổng thầu EPC – Công ty Hữa hạn Tập đoàn Cục 6 Đường sắt (Trung Quốc) thì giá thành của các đoàn tàu được thể hiện thông qua kết quả lựa chọn nhà thầu sẽ khá cao so với chi phí của hạng mục này. Bên cạnh đó thì khoản sự phòng chỉ chiếm chưa đầy 10% trong cơ cấu tổng mức đầu tư dư án. Như thế được cho là quá ít trong khi hạng mục xây dựng này lại khá lớn.
Không những thế công tác kiểm soát tiến độ dự án cũng đang phải đối mặt với rủi ro là nguy cơ để xảy ra mất an toàn thi công trên nhiều tuyến đường huyết mạch dẫn đến việc thi công bị gián đoạn và công tác giải phóng mặt bằng chưa hoàn tất.
Theo báo cáo rà soát tổng thể dự án của Cục quản lý xây dưng thì hiện tại khu vực ga cuối Cát Linh thì có tới 19/27 hộ dân chưa chịu nhận tiền đền bù, bên cạnh đó công tác di dời hạn tầng kỹ thuật trong phạm vi thi công chân cầu thang nhà ga chỉ có thể hoàn thành trong tháng 12/2014. Mặt khác hạng mục nhà ga Cát Linh được tổng thầu xác nhận chỉ có thể hoàn thành vào cuối tháng 12/2015 nếu công tác giải phóng mặt bằng hoàn thành vào đầu tháng 11/2014.